Fox William Mulder (David Duchovny) č un singolare agente dell'FBI: lavora in un settore chiamato appunto X-Files, un archivio dove vengono catalogati e raccolti tutti i casi ritenuti inspiegabili. Mulder deriva la sua ossessione dal traumatico rapimento della sorella, avvenuto a causa degli alieni, quando l'agente aveva l'etą di 12 anni. Il poster appeso nell'oscuro ufficio di Mulder, divenuto uno dei simboli della serie, riporta la scritta "I Want to believe" - Io Voglio Credere. Mulder cerca infatti di dare spiegazioni e raggiungere la veritą prestando fede a prove e testimonianze ritenute "impossibili" o prive di credito da parte dei suoi colleghi e della comunitą accademica. All'inizio della serie gli viene affiancato un partner dai suoi superiori, Dana Katherine Scully (Gillian Anderson), medico e scienziata che utilizzando le sue competenze scientifiche avrebbe il compito di screditare le bizzarre tesi di Mulder. In realtą con il passare del tempo anche lei si troverą di fronte a fatti in grado di scuotere le sue certezze e la sua fede nella scienza ufficiale....
*Sono gli episodi CHIAVE, denominati anche "Episodi Cospirazione"
09 - Schizogeny - Schizofrenia 10 - Chinga - Chinga 11 - Kill Switch - Intelligenza artificiale 12 - Bad Blood - Vampiri 13 - Patient X - La paziente X* 14 - The Red and the Black - Il rosso e il nero* 15 - Travelers - Cavie 16 - Mind's Eye - Gli occhi della mente 17 - All Souls - Angeli caduti 18 - The Pine Bluff Variant - Il contagio 19 - Folie a Deux - Follia a due 20 - The End - La fine*